ავტოკეფალურია დამოუკიდებელი თვითმმართველი ეკლესია. ის დამოუკიდებლად, თავად ირჩევს და ნიშნავს მმართველ ორგანოებს, ასევე დამოუკიდებლად წარმართავს საეკლესიო ცხოვრებას, ეს იქნება წმინდა მირონის კურთხევა, კანონიკური განჩინებების გამოცემა თუ  სხვა საეკლესიო გადაწყვეტილებები.

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია გააუქმა რუსეთმა 1871 წელს და მისი აღდგენა მხოლოდ 1917 წლის 25 მარტს მოხერხდა. ეს არის უდიდესი ისტორიული მოვლენა, რომლის განმტკიცებაც სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, მცხეთა-თბილისის მთავარეპისკოპოსის, ცხუმ აფხაზეთისა და და ბიჭვინთის მიტროპოლიტის, უწმინდესისა და უნეტარესის ილია II -ის მრავალწლიან მოღვაწეობას უკავშირდება.

სამწუხაროდ,  რუსეთის მიერ ჩვენი სამშობლოს 20%-ის ოკუპაციის გამო, საქართველოს ეკლესია  ვერ ახორიელებს საკუთარ იურისდიქციას აფხაზეთსა და ცხინვალის რეგიონში.

აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის უმაღლესი საბჭოს თავმჯდომარე ჯემალ გამახარია იმედოვნებს, რომ  ჩვენი პარტნიორების, მსოფლიო თანამეგობრობის წამყვანი ქვეყნების მესვეურთა და ავტორიტეტული საერთაშორისო ორგანიზაციების მტკიცე მხარდაჭერით, უპირველესად, ეროვნულ-სახელმწიფოებრივი ინტერესების ირგვლივ ქართველთა გაერთიანებით, ურთიერთსიყვარულით და ქრისტესმიერი მიტევებით, მალე  შესაძლებელი გახდება კანონზომიერების აღდგენა საქართველოს მთელს ტერიტორიაზე და შესაბამისად,  ჩვენი სამოციქულო მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალია, მისი იურისდიქცია  მშვიდობიანად აღდგება  აფხაზეთსა და სამაჩაბლოშიც.

ამ რწმენით ულოცავს  მთელს ქვეყანას, თითოეულ მორწმუნე ადამიანს და ჩვენი ეკლესიის მეთაურს - სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქს, მცხეთა-თბილისის მთავარეპისკოპოსს, ცხუმ აფხაზეთისა და ბიჭვინთის მიტროპოლიტს, უწმინდესსა და უნეტარესს ილია II-ს აფხაზეთის უმაღლესი საბჭოს თავმჯდომარე ჯემალ გამახარია.